Funciona bien ahora, pero surgió otro problema y es que cuando cambió la escena la anterior se sigue viendo lo cual me impide jugar correctamente xd
¿Ya llenaste la dirección al nodo Niveles en la instancia de Transitions? Es para que el nodo Transitions tome al primer hijo de ese contenedor de niveles y lo elimine para que puedas instanciar tu nivel sin que estén los dos al mismo tiempo.