Hola amigo. Ya encontré el problema, gracias por reportar: entra en la escena Transitions y en el nodo cutoff, fade_in y pixelation cambia la propiedad Mouse>Filter por Ignore. Por defecto está en Stop, y esos nodos se ven primero que cualquier menú, así que se debe especificar que se ignore el mouse.
Así acabo de hacer para que funcionara la herramienta en mi escena, avísame si también te funciona :).