Проблема с перекрасками есть и её решить будет не так просто. С этим нужно смириться. Удалять заспавненные троллейбусы и так можно. А вот система маршрутов уже готова, вот-вот выйдет обновление, в котором как раз можно освобождать от маршрутов и наоборот, ставить на маршруты.