Нужно не обычный window_get\set_fullscreen, а window_frame_get\set_fullscreen - иначе окно как-бы в полнокэранном режиме, но с точки зрения Windows оно так же всё ещё внутри окна-рамки, и поэтому фулскрин "проклацывается" насквозь. Сюда же, я вроде бы это исправлял в недавнем обновлении, но может понадобится менять размер окна после выхода из фулскрина, если оно неправильно растягивается внутри рамки.