Какой у тебя CPU/GPU? Какой fps в игре?
Есть предположение, что этот баг связан с physics frame time в Godot Engine.
Строго говоря, "кадр в секунду" и "физический фрейм" - это не одно и то же. Но скорей всего если fps в игре ниже 60 - значит, и физическому движку не хватает фреймов, отсюда и пролёты предметов сквозь поверхности.
Когда я играл и пилил свои поделки на слабой машине - тоже постоянно всё проваливалось, включая игрока. Пересел на тачку помощнее - и баги как рукой сняло.
Спросил про CPU/GPU, потому что это действительно может быть так, надо проверить догадку.