Godot 4, были использованы Constructive Solid Geometry (CSG) объекты. В инспекторе выбранного CSG объекта, в классе CSGShape есть свойство "Operation" с тремя опциями: Union, Intersection, Subtraction. В зависимости от отношения между объектами (дочерний/родительский), будут применены данные геометрические операции дочернего объекта по отношению к родительскому.
Подробнее в официальной документации: https://docs.godotengine.org/en/stable/tutorials/3d/csg_tools.html#csg-tools-features