1/ Fishtopia:

Entering Crusty Pottery Shop cause companions to be cloned, crashed the game upon talking to the investigator, entering the house and exit out( even Disband the team still cause crashing upon talking, entering and exiting.)

2/ Cocona's Quest :

Bring Cecily and Gray Rat to save her in the Church of Light cause both of them to permanently disappear from the game.

Send them home before reaching Cocona seems to fix that problem but I did lose 10 hours of progress before realizing this =.-