Parece ser que el DisplayServer de Wayland en Godot no tiene implementado el tema multi ventana todavía. Y el juego está totalmente basado en este funcionamiento. No sé mucho del tema y no sé si habría un fix. Investigaré sobre ello.
https://github.com/godotengine/godot-proposals/issues/11583#issuecomment-2596950...