Obrigado pelo feedback Fred, creio que esse problema possa estar relacionado realmente a versão do NWJS, porem em meus testes não havia percebido esse processo persistindo em segundo plano.
Creio que também possa ter algo relacionado ao S.O. também, utilizo o windows 7 para os testes, com apenas 8gb de memória RAM, pode ser que esse fator force o sistema a fechar o processo para economizar memória.
Mais uma vez, muito obrigado por nos indicar esse problema, apesar de estar tudo atualizado nesse momento, permaneceremos de olhos abertos para evitar que esse tipo de situação volte a ocorrer.
Abraço