Eu não estou com o mesmo problema, conheci seu jogo através do seu canal, pelo video "Configurar Joystick / Gamepad na GDevelop 5" e consegui configurar a direção de movimento do personagem tanto pelo Joystick como também pelas setas, estou usando o controle de PS4 e a ultima versão do gdevelop (5.0.121), também uso linux (Zorin OS 6).
Não sei se essa informação será util, mas para configurar as setas no gdevelop fiz o mesmo processo de configurar os botões como "CROSS" e "CIRCLE", a condição ficou assim:
Button "LEFT" of gamepad 1 is pressed
E o mesmo vale para as outras direções "RIGHT", "UP" e "down".
Mas bem, boa sorte com o desenvolvimento e sucesso para seu jogo.
:)